Kristoffer Nyholm har taget kurser på Den Danske Filmskole, men har ikke en egentlig uddannelse som filminstruktør
Alligevel har han arbejdet med film siden midten af 70'erne og står bag flere succesfulde, danske tv-produktioner
Han har arbejdet tæt sammen med Lars von Trier og har været involveret i produktionen af Epidemic (1987), Breaking the Waves (1996), Idioterne (1998) og Mandalay (2005)
Han har filmet og instrueret episoder af populære danske tv-serier, såsom Landsbyen (1991-1996), Taxa (1997), Hotellet (2001), Nikolaj og Julie (2002–2003), Forbrydelsen (2007), Forbrydelsen II, (2009) og Forbrydelsen III (2012)
Nyholm har også instrueret udenlandske tv-serier, f
eks
den svenske tv-serie om Palmemordet, En pilgrims död (2013), der bygger på Leif GW Perssons bøger, og BBC's dyreste tv-serie nogensinde, Taboo (2017), der er udviklet af den britiske filmstjerne Tom Hardy